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BioASP
- Objectif : étude de la combinatoire (statique) issues d'observations transcriptomiques
- Méthode : programmation par ensembles-réponses
- Développeurs : Potsdam & IRISA
- Distribution : NC
- Références : NC
BIOCHAM
- Objectif : étude de la dynamique (discrète ou continue) de modèles de réactions
- Méthode : logiques CTL ou LTL
- Développeurs : équipe Inria Contraintes, Rocquencourt
- Distribution : sources (Prolog, C, Java) et binaires (Win/Mac, Linux à la demande et selon distribution)
- Références : site web
BioQuali
- Objectif : prédiction de variations qualitatives par propagation d'observation via la topologie de graphes d'interaction
- Méthode : diagramme de décision
- Développeurs : IRISA, Rennes
- Distribution : NC
- Références : site web, article
BioSignal
- Objectif : étude et modélisation de la combinatoire et des synchronisations dans des modèles de réaction/transition
- Méthode : introduction d'horloge et de state-chart
- Développeurs : IRISA, Rennes
- Distribution : NC
- Références : NC
CADBIOM
- Objectif : construction et analyse de modèles discrets construits
- Méthode : transition gardée
- Développeurs : IRISA, Rennes
- Distribution : binaires (Linux)
- Références : site web
Pint - Process Hitting related tools
- Aim: large-scale static analyser for Process Hitting models (suitable to model biological regulatory networks). Non-Markovian simulator and exportation to various frameworks (PRISM, Petri Nets, Biocham, ...) is also provided
- Methods: Process Hitting; static analysis by abstract interpretation; timed and stochastic modelling
- Developers: MeForBio team (IRCCyN, Nantes)
- Distribution: sources (OCaml)
- References: website
POGG
- Objectif : prédiction du comportement moyen d'un ensemble de cellules à une échelle supérieure
- Méthode : analyse en moyenne du comportement de chaînes de Markov
- Développeurs : LINA (équipe Combi), Nantes
- Distribution : sources (MatLab)
- Références : site web, article
Sipper
- Objectif : identification de modules fonctionnels à partir de cartes génomiques, métaboliques, transcriptomiques
- Méthode : alignement de graphes
- Développeurs : LINA (équipe Combi), Nantes
- Distribution : NC
- Références : NC
SMBioNet
- Objectif : construction de modèle de Thomas, inférence de paramètres temporels
- Méthode : vérification de modèle, logique de Hoare
- Développeurs : I3S, Nice
- Distribution : NC
- Références : NC
(Model reduction)
- Objectif : construction de hiérarchies de modèles à partir de modèles numériques
- Méthode : réductions par échelles de temps
- Développeurs : DIMPP, Montpellier
- Distribution : NC
- Références : NC
