Réunion finale des 2-3 juin 2014 à Rennes
Voir la page dédiée
Réunion annuelle des 10-11 avril 2013 à Paris
Voir la page dédiée
10 avril
- Geoffroy Andrieux: A guarded transition approach to integrate the human cell signaling pathways into a single unified dynamic model.
- Loïc Paulevé: Abstract interpretation of dynamics of very large networks: overview and future work.
- François Fages: Analyse du modèle TGF-b en biocham-web: worksheet, pdf.
- Jérôme Feret: Context-sentitive approximation of the intrinsic flow of information for rule-based models.
- Ovidiu Radulescu: A tropical approach to multiscale model reduction of TGF-b signaling.
- Vincent Picard: Algorithmes de Gillespie exact et approché d'ordre supérieur pour la simulation de réseaux biochimiques.
- Jérémie Bourdon: Modèle probabiliste de la traduction de cyclines lors de la fécondation de l'oursin.
- Patrick Cormier et Adrien Richard: Modèle quantitatif de la régulation de la traduction lors de la fécondation de l'oursin.
11 avril
- Sylvain Prigent: Reconstruction automatique du réseau métabolique d'Ectocarpus Siliculosus.
- Santiago Videla: Boolean logic models of signal transduction networks.
- Andres Aravena: A logics-based integrative approach to decipher putative regulatory relationships inferred from genomic and transcriptomic data.
- Damien Eveillard: Integrating heterogeneous knowledge within a static framework: toward biological insights.
- Sven Thiele: Solving the computational questions of D. Eveillard.
- Sylvain Soliman: Tropical Equilibration by constraint solving PDF.
- Michel Le Borgne: Les moteurs de CADBIOM.
- Julien Gras: the BIOtempo Mobyle portal.
Réunion annuelle des 6-7 mars 2012 à Nantes
Voir la page dédiée
6 mars
- Andres Aravena (IRISA) : Answer Set Programming for bacterial transcriptonial network from mutual information, binding sites and operon information.
- Geoffroy Andrieux (IRISA) et Loïc Paulevé (LRI/IRCCyN) : Transitions gardées et frappes de processus pour le signal de TGFbeta.
- Gilles Bernot (I3S) : Logique de Hoare pour l’inférence de règles booléennes dans les réseaux biologiques.
- Sylvain Prigent (IRISA) : Reconstruction d'un réseau métabolique par minimisation de redondance.
- Philippe Bordron (IRCCyN/LINA) : Modularité par combinaison de génomes, métabolismes et transcriptomes.
- Patrick Cormier (SBM Roscoff) : Modélisation de l'initiation de la traduction chez l'oursin par des approches probabilistes.
7 mars
- Santiago Videla (IRISA) : Answer Set Programming for reconstruction boolean causal signaling network.
- Ovidiu Radulescu (DMPPN) : Réduction de modèles par identification de paramètres critiques.
- François Fages (Contraintes) : Réduction et comparaison de modèles par des approches de graphes.
- Colin de la Higuera (LINA) : Apprentissage de grammaires.
- Jérémie Bourdon (LINA) : Modélisation probabiliste de la dynamique de réseau biologique tenant compte d'information discrète sur la dynamique des trajectoires.
Réunion de lancement (18/03/2011 à l'IRISA, Rennes)
Présentation générale (Task 1)
- Anne Siegel : Biotempo : présentation des participants et but
- Olivier Coucharière : Présentation de l'ANR
Biologie : trois questions bio, modèles et données associées (Task 6)
- Andres Aravena : Bactéries du cuivre minier
- Geoffroy Andrieux : Signalisation du TGF-beta
- Patrick Cormier & Adrien Richard : Initiation de la traduction chez l'oursin
- Grégory Batt : artificial tissue homeostasis
Méthodes large-échelles (Task 2)
- Damien Eveillard (ou Guillaume Fertin) : Alignement de graphe et application au cuivre minier.
- Anne Siegel : ASP et application au cuivre minier
Méthodes hybrides (Task 3)
- Michel le Borgne : Horloges et application à la signalisation du TGFbeta
- Olivier Roux (ou Morgan Magnin ou Loïc Paulevé) : Approches hybrides développées à Nantes et Nice. Applications envisageables chez les modèles de réaction oursin ?
Méthodes probabilistes et réductions (Task 4 and 5)
- Jérémie Bourdon : Analyses en moyennes. Premières applications sur l'oursin.
- Grégory Batt : stochastic abstraction
Réunions méthodologiques
Static and discrete models (tâche 2)
- 11/2011 (Chili)
- 07/07/12 (Nantes)
- 14/09/2012 (Rennes)
- 12/2012 (Chile)
- 18/03/2013 (Rennes)
- 09/10/2013 (Nantes)
Hybrid models (tâche 3)
- 29/06/2011, Nantes
- 6/02/2012, Roscoff.
- 10/02/2012, Rennes.
- 25/05/2012, Nantes.
- 09/10/2013, Nantes
Population scale models (tâche 4)
- Roscoff, 9&10/05/2011
- Rennes, 10/10/2011
- Roscoff, 6,7/02/2012
- Rennes, 26, 27/06/2012
- Paris, 9/11/2012
- Paris , 30/01/2013
- Roscoff, 03/2013
Reduction (tâche 5)
- Rocquencourt (20/07/2012).
- Paris (9/11/2012).
- Paris (30/01/2013)
- Montpellier (06/2013)
Applications (Tâche 6)
- Mining bacteria: 11/2011(Chili), 07/07/12 (Nantes), 14/09/2012(Rennes). 12/2013 (Chili). 18/03/2013 (Rennes), 09/2013 (Rennes).
- TGFbeta: 29/06/2011 (Nantes), 6/02/2012 (Roscoff), 10/02/2012 (Rennes), 25/05/2012 (Nantes), Paris (9/11/2012). Paris (30/01/2013). Montpellier (06/2013)
- Sea-urchin translation: Roscoff (9&10/05/2011), Rennes (10/10/2011), Roscoff (6,7/02/2012), Paris (9/11/2012). Paris (30/01/2013)
